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simlr
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此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅simlr。
SIMLR：通过多内核学习的单细胞解释
生物导体版本：3.4
单细胞RNA-seq技术可实现单个细胞的高通量基因表达测量，并允许在细胞群体中发现异质性。细胞对细胞基因表达相似性的测量对于鉴定，可视化和细胞种群分析至关重要。但是，由于噪声，离群值和辍学水平高，单细胞数据引入了基因表达相似性的常规度量挑战。我们开发了一个新颖的相似性学习框架SIMLR（通过多内核学习的单细胞解释），该框架从数据中学习了适当的距离度量，以减少尺寸，聚类和可视化。SIMLR能够在单细胞数据集中更准确地分离已知的亚群，而不是现有降低方法。此外，SIMLR表现出高通量外周血单核细胞（PBMC）数据集的高灵敏度和准确性，该数据集由10倍基因组学的Gemcode单细胞技术产生。
作者：Bo Wang [AUT]，Daniele Ramazzotti [Aut，Cre]，Luca de Sano [aut]，Junjie Zhu [CTB]，Emma Pierson [CTB]，Serafim Batzoglou [CTB]
维护者：Daniele Ramazzotti
引用（从r内，输入引用（“ simlr”））：
安装
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文档
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| R脚本 | todo的R包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 聚类，，，，基因表达，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件 |
| 版本 | 1.0.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（0.5岁） |
| 执照 | 文件许可证 |
| 要看 | R（> = 3.3） |
| 进口 | 平行，矩阵，统计，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物基因，，，，生物使用，，，，测试，，，，尼特，，，，Igraph，，，，斯克兰 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/batzogloulabsu/simlr |
| BugReports | https://github.com/batzogloulabsu/simlr |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | simlr_1.0.1.tar.gz |
| Windows二进制 | simlr_1.0.1.1.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | simlr_1.0.1.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/simlr/tree/release-3.4 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/simlr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
