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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见扫描。通用产品．

单通道阵列归一化(SCAN)和通用表达式码(UPC)

Bioconductor版本:3.4

SCAN是一种微阵列归一化方法，以促进个性化医疗工作流程。SCAN不是将微阵列样本作为组来处理，这可能会引入偏差并提出逻辑挑战，而是仅使用每个阵列内的数据，通过建模和去除探针和阵列特定的背景噪声，逐个规范化每个样本。SCAN可应用于单通道(如Affymetrix)或双通道(如Agilent)微阵列。通用表达码(UPC)方法是SCAN的扩展，用于估计给定样本中给定基因/转录本是否高于背景水平。UPC方法可以应用于单通道或双通道微阵列以及RNA-Seq读取计数。由于UPC值以相同的尺度表示，并且对于每个平台具有相同的解释，因此它们可以用于跨平台数据集成。

作者:Stephen R. Piccolo, Andrea H. Bild, W. Evan Johnson

维护者:Stephen R. Piccolo

安装

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文档

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PDF	R脚本	底漆
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,RNASeq,软件,TwoChannel
版本	2.16.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(4.5年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (>= 2.14.0)，Biobase(> = 2.6.0),益生元,Biostrings,GEOquery,affy,affyio,foreach,股东价值分析
进口	跑龙套、方法质量、工具、IRanges
链接
建议	pd.hg.u95a
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.comhttp://jlab.bu.edu/software/scan-upc
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	SCAN.UPC_2.16.0.tar.gz
Windows二进制	SCAN.UPC_2.16.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	SCAN.UPC_2.16.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SCAN.UPC/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCAN.UPC/
软件包下载报告	下载数据