要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ riboprofiling”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅肋骨蛋白。
生物导体版本:3.4
从BAM文件开始,此软件包提供了质量评估,读取启动位置重新校准的必要功能频率和覆盖范围评估,密码子覆盖范围的主要成分分析。
作者:Alexandra Popa
维护者:a。popa
引用(从r内,输入引用(“肋骨蛋白”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ riboprofiling”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Riboprofiling”)
R脚本 | 用“ Riboprofiling”软件包分析Ribo-Seq数据 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 结盟,,,,覆盖范围,,,,委托人,,,,QualityControl,,,,核糖,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.4.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.2(R-3.2)(1。5年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.2.2),生物弦 |
进口 | 生物基因,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,iranges,,,,RESHAPE2,,,,GenomicFeatures, 网格,plyr,,,,S4VECTORS,,,,基因组签名,,,,GGPLOT2,,,,GGBIO,,,,rsamtools,,,,rtracklayer,,,,Data.Table,,,,SQLDF |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,生物使用,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,测试,,,,总结性特征 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | riboprofiling_1.4.1.tar.gz |
Windows二进制 | riboprofiling_1.4.1.zip |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | riboprofiling_1.4.1.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/riboprofiling/tree/release-3.4 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/riboprofling/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |