##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RTCGAToolbox”)

此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见RTCGAToolbox．

用于导出TCGA消防软管数据的新工具

Bioconductor版本:3.4

对研究项目来说，管理来自癌症基因组图谱(TCGA)等大规模项目的数据以进行进一步分析是一个重要且耗时的步骤。一些努力，如Firehose项目，使TCGA预处理数据可以通过web服务和数据门户公开使用，但它需要管理、下载和准备接下来的步骤所需的数据。我们为Firehose预处理数据开发了一个开源和可扩展的基于R的数据客户端，并通过示例案例研究演示了它的使用。结果表明，RTCGAToolbox可以改善对TCGA数据感兴趣的研究人员的数据管理。此外，它还可以与其他分析管道集成，用于后续的数据分析。

作者:Mehmet Kemal Samur

维护者:Mehmet Kemal Samur < Samur at jimmy.harvard.edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RTCGAToolbox”)

文档

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，测序，软件
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(1.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.2.0)
进口	方法,XML，limma(> = 3.18),生存，RCircos，data.table(> = 1.9.4),RCurl，RJSONIO
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	RTCGAToolbox_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	RTCGAToolbox_2.4.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	RTCGAToolbox_2.4.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/RTCGAToolbox/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGAToolbox/
软件包下载报告	下载数据