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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PathoStat。

PathoStat统计微生物分析包

Bioconductor版本:3.4

这个包的目的是执行统计微生物宏基因组测序结果分析数据样本。特别是,它支持分析PathoScope生成报告文件。PathoStat提供各种功能包括相对丰度图、多样性和情节估计,微分丰富,测试时间序列可视化、和核心OTU分析。

作者:Solaiappan Manimaran < manimaran_1975 hotmail.com >,马修Bendall < Bendall gwmail.gwu.edu >,桑德罗Valenzuela Diaz < sandrolvalenzuelad gmail.com >,爱德华多·卡斯特罗< castronallar gmail.com >,泰勒的< tfaits gmail.com >、w·埃文约翰逊< wej bu.edu >

维护人员:Solaiappan Manimaran < manimaran_1975 hotmail.com >

安装

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文档

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browseVignettes (“PathoStat”)

PDF	R脚本	PathoStatUserManual
HTML	R脚本	PathoStatAdvanced
HTML		PathoStatIntro
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,宏基因组,微阵列,微生物组,PatternLogic,PrincipalComponent,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3.1)
进口	MCMCpack,limma,corpcor,rmarkdown,knitr,老鸨,matrixStats,reshape2,尺度,ggplot2,rentrez,BatchQC,DT,gtools,tidyr,plyr,dplyr,猿,phyloseq,闪亮的grDevices统计数据,方法,XML,图形,跑龙套,冲积,BiocStyle
链接
建议	testthat
SystemRequirements	pandoc从减价生成报告文件(http://pandoc.org/installing.html)。
增强了
URL	https://github.com/mani2012/PathoStat
BugReports	https://github.com/mani2012/PathoStat/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	PathoStat_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	PathoStat_1.0.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	PathoStat_1.0.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/pathostat/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PathoStat/
包下载报告	下载数据