要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“PGA”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

PGA

此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见PGA

由RNA-Seq衍生的定制数据库识别新肽的包

Bioconductor版本:3.4

该软件包提供了基于RNA-Seq数据的定制蛋白质数据库的构建功能,包括基因组引导和不引导,数据库搜索,后处理和报告生成。这种定制的蛋白质数据库既包括参考数据库(如Refseq或ENSEMBL),也包括RNA-Seq数据中的新肽序列。

作者:徐少航,文博

维护者:温博<文博at genomic .cn>,徐少航

引文(从R内,输入引用(PGA)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“PGA”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

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PDF R脚本 PGA教程
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews MassSpectrometry蛋白质组学RNASeqReportWriting测序软件
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(1.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.0.1),IRangesGenomicRangesBiostrings(> = 2.26.3之前),data.tablerTANDEM
进口 S4Vectors(> = 0.9.25),Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicFeatures(> = 1.19.8),biomaRt(> = 2.17.1),stringrRCurl喷嘴。R1VariantAnnotation(> = 1.7.28),rtracklayerRSQLiteggplot2AnnotationDbicustomProDB(> = 1.7.0),pheatmap
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19RUnitBiocGenericsBiocStyleknitrR.utils
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 PGA_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 PGA_1.4.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks) PGA_1.4.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/PGA/tree/release-3.4
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/PGA/
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文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网