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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见MutationalPatterns．

研究基替换目录中的模式

Bioconductor版本:3.4

一个广泛的工具集，用于描述和可视化碱基替换数据中的大范围突变模式。

作者:Francis Blokzijl, Roel Janssen, Ruben van Boxtel, Edwin Cuppen

维护者:Francis Blokzijl ， Roel Janssen

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MutationalPatterns”)

文档

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browseVignettes(“MutationalPatterns”)

PDF	R脚本	突变模式介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，软件，SomaticMutation
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.3.0)，NMF(> = 0.20.6),GenomicRanges(> = 1.24.0)
进口	统计数据,BiocGenerics(> = 0.18.0),VariantAnnotation(> = 1.18.1),reshape2(> = 1.4.1),plyr(> = 1.8.3),ggplot2(> =魅惑,pracma(> = 1.8.8),SummarizedExperiment(> = 1.2.2),IRanges(> = 2.6.0),GenomeInfoDb(> = 1.8.1),Biostrings(> = 2.40.0),gridExtra(> = 2.2.1)
链接
建议	BSgenome(> = 1.40.0),BiocStyle(> = 2.0.3),biomaRt(> = 2.28.0),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.4.0),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)rtracklayer(> = 1.32.2)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CuppenResearch/MutationalPatterns
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	MutationalPatterns_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	MutationalPatterns_1.0.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	MutationalPatterns_1.0.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/MutationalPatterns/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MutationalPatterns/
软件包下载报告	下载数据