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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MMDiff2。

统计测试ChIP-Seq数据集

Bioconductor版本:3.4

这个包检测读浓缩概要统计上显著的差异在不同ChIP-Seq样本。利用形状差异它使用内核方法(最大的差异,多党民主运动)。

作者:Gabriele Schweikert (cre, aut),大卫·郭(aut)

维护人员:Gabriele Schweikert < gschweik在staffmail.ed.ac.uk >

安装

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文档

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browseVignettes (“MMDiff2”)

PDF	R脚本	介绍MMDiff2方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),Rsamtools,Biobase
进口	GenomicRanges,locfit,BSgenome,Biostrings,闪亮的,ggplot2,RColorBrewer、图形、grDevices平行,S4Vectors、方法
链接
建议	MMDiffBamSubset,MotifDb,knitr,BiocStyle,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	MMDiffBamSubset
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	MMDiff2_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	MMDiff2_1.2.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	MMDiff2_1.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/mmdiff2/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MMDiff2/
包下载报告	下载数据