要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MBttest”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见mbt.
Bioconductor版本:3.4
MBttest方法是由Baggerly等(2003)的beta t检验方法发展而来。与baySeq (Hard castle and Kelly 2010)、DESeq (Anders and Huber 2010)、精确检验(Robinson and Smyth 2007, 2008)和McCarthy et al(2012)的GLM相比,MBttest具有较高的工作效率,即具有高幂次、高FDR估计保守性和高稳定性。MBttest适用于小样本或少量复制库中的转录组数据、标记数据、SAGE数据(计数数据)。它可以用来识别基因,mRNA异构体或标签在两种条件下差异表达。
作者:谭元德
维护人员:Tan Yuan-De
引文(从R内,输入引用(mbt)
):
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MBttest”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes (mbt)
R脚本 | 使用“MBttest”软件包分析RNA-Seq计数数据 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | AlternativeSplicing,报道,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,MultipleComparison,圣人,测序,软件,转录 |
版本 | 1.2.0 |
在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(1年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.3.0), stats,gplots,gtools,图形,基础,utils, grDevices |
进口 | |
链接 | |
建议 | BiocStyle,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | MBttest_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | MBttest_1.2.0.zip |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | MBttest_1.2.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/MBttest/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MBttest/ |
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