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此包适用于Bioconductor的3.4版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见IsoGeneGUI。

图形用户界面进行剂量反应分析的微阵列数据

Bioconductor版本:3.4

IsoGene图形用户界面(IsoGene- gui)是IsoGene软件包的一个用户友好界面，其目的是识别基因在表达水平上随剂量增加而呈单调趋势的基因。此外，原始包的GUI扩展包含各种工具来执行剂量-反应配置文件的群集。测试通过几个测试统计量来解决:全局似性比检验(E2)， Bartholomew 1961, Barlow et al. 1972和Robertson et al. 1988)， Williams (1971, 1972)， Marcus (1976)， M (Hu et al. 2005)和修正的M (Lin et al. 2007)。利用精确分布和排列得到全局似然比检验(E2)的p值。其他四个检验统计量是通过排列得到的。提供了几个p值调整:Bonferroni, Holm (1979)， Hochberg(1988)和Sidak程序来控制家族I型错误率(FWER)，并使用BH程序(Benjamini和Hochberg 1995)和BY程序(Benjamini和Yekutieli 2001)来控制FDR。该推断是基于重采样方法，该方法控制了两种排列的错误发现率(FDR) (Ge等人，2003)和微阵列的显著性分析(SAM, Tusher等人，2001)。聚类方法是从CRAN包ORCME, ORIClust外包来的。ORCME软件包基于delta-clustering method (Cheng and Church, 2000)和ORIClust on Order Restricted Information Criterion (Liu et al.， 2009)，两者执行相同的任务，但视角不同，其输出是基因簇。此外，IsoGene-GUI中还包含了基于package goric的Generalized ORIC (Kuiper et al.， 2014)对给定基因的基因谱选择和基于package orQA的E2排列检测。 None of these four packages has GUI.

作者:Setia Pramana, Dan Lin, Philippe Haldermans, Tobias Verbeke, Martin Otava

维护者:Setia Pramana < Setia。在ki.se pramana >

安装

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文档

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PDF	R脚本	IsoGeneGUI装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,GUI,微阵列,软件
版本	2.10.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (R-2.12)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	tcltk,xlsx
进口	Rcpp,tkrplot,乘,relimp,geneplotter,RColorBrewer,Iso,IsoGene,ORCME,ORIClust,orQA,goric,ff,Biobase,jpeg
链接
建议	RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://ibiostat.be/online-resources/online-resources/isogenegui/isogenegui-package
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	IsoGeneGUI_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	IsoGeneGUI_2.10.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	IsoGeneGUI_2.10.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/IsoGeneGUI/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoGeneGUI/
包下载报告	下载数据