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此包适用于Bioconductor的3.4版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见InPAS。

新型选择性聚腺苷酸位点(PAS)的鉴定

Bioconductor版本:3.4

选择性聚腺苷酸化(APA)是发生在大多数人类基因中的重要转录后调控机制之一。InPAS有助于从RNAseq数据中发现新的APA位点。它利用cleanUpdTSeq对识别的APA站点进行微调。

作者:欧建宏、朴sung Mi、Michael R. Green、Lihua Julie Zhu

维护者:欧建宏<建宏。或者在umassmed.edu >

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	InPAS装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,DifferentialSplicing,GeneRegulation,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.1)，方法Biobase,GenomicRanges,GenomicFeatures,S4Vectors
进口	AnnotationDbi,BSgenome,cleanUpdTSeq,Gviz,seqinr,preprocessCore,IRanges,GenomeInfoDb,depmixS4,limma,BiocParallel
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,rtracklayer,knitr
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	InPAS_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	InPAS_1.6.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	InPAS_1.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/InPAS/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InPAS/
包下载报告	下载数据