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在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅GVIZ。
生物导体版本:3.4
基因组数据分析需要对已知基因组信息和新实验数据的整合可视化。GVIZ使用BiomArt和rtracklayer软件包来执行实时注释查询以ement和UCSC,并将其转换为例如。网格图形包的视口中的基因/转录结构。这导致基因组信息与您的数据一起绘制。
作者:Florian Hahne,Steffen Durinck,Robert Ivanek,Arne Mueller,Steve Lianoglou,Ge Tan
维护者:florian hahne
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Browsevignettes(“ Gviz”)
R脚本 | GVIZ用户指南 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 微阵列,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 1.18.2 |
在生物导体中 | Bioc 2.10(R-2.15)(5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 2.10.0),方法,S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges(> = 1.99.18),基因组机(> = 1.17.20),网格 |
进口 | xvector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),格子,,,,rcolorbrewer,,,,Biomart(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),生物酶(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),BSGENOME(> = 1.33.1),生物弦(> = 2.33.11),Biovizbase(> = 1.13.8),rsamtools(> = 1.17.28),LatticeExtra(> = 0.6-26),矩阵(> = 0.8.14),基因组签名(> = 1.1.16),GenomeInfodB(> = 1.1.3),生物基因(> = 0.11.3),消化(> = 0.6.8) |
链接 | |
建议 | Xtable,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,生物使用 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | 阿斯普利,,,,Biomvrcns,,,,彗星,,,,腹带,,,,dmrforpairs,,,,PBase,,,,PVIZ |
进口我 | 等位基因平衡,,,,dmrcate,,,,基因组间,,,,ggtools,,,,Gwascat,,,,inpas,,,,甲基分析,,,,甲基管,,,,Motifbreakr,,,,ping,,,,碎片,,,,斯坦,,,,TrackViewer,,,,变体滤波器 |
建议我 | Annmap,,,,CNER,,,,深布鲁尔,,,,Ensembldb,,,,基因组机,,,,InteractiveSplay,,,,pi,,,,PQSFINDER,,,,准,,,,rnbeads,,,,single.mtec.transcriptomes,,,,剪接图 |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | gviz_1.18.2.tar.gz |
Windows二进制 | gviz_1.18.2.zip |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | gviz_1.18.2.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/gviz/tree/release-3.4 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gviz/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |