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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicAlignments。

表示和操纵短基因组比对

Bioconductor版本:3.4

提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对(通常是通过调整短期读取参考基因组)。这包括读计数,计算覆盖率,结检测和处理核苷酸比对的内容。

作者:Herve页,瓦莱丽•Obenchain马丁摩根

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicAlignments”)

PDF	R脚本	介绍GenomicAlignments包
PDF	R脚本	计数与summarizeOverlaps读取
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	使用一致的核苷酸
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		阅读从BAM文件——第1部分
视频		阅读从BAM文件——第2部分

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,遗传学,基础设施,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.9.40),IRanges(> = 2.5.36),GenomeInfoDb(> = 1.1.20),GenomicRanges(> = 1.25.6),SummarizedExperiment(> = 0.3.1),Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4)
进口	方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,BiocParallel
链接	S4Vectors,IRanges
建议	ShortRead,rtracklayer,BSgenome,GenomicFeatures,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,pasillaBamSubset,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,DESeq2,刨边机,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AllelicImbalance,ASpli,Basic4Cseq,BasicSTARRseq,嵌合体,exomePeak,GoogleGenomics,groHMM,吉他,HelloRanges,hiReadsProcessor,prebs,收回,RIPSeeker,rnaSeqMap,ShortRead,SplicingGraphs
进口我	高山,AneuFinder,BaalChIP,biovizBase,ChIPpeakAnno,ChIPQC,chromstaR,cn,contiBAIT,文案,CoverageView,CrispRVariants,customProDB,derfinder,DiffBind,easyRNASeq,FourCSeq,FunChIP,GenoGAM,genomation,GenomicFiles,ggbio,gmapR,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,HTSeqGenie,检查,leeBamViews,MADSEQ,metagene,methylPipe,马赛克,图片,QuasR,Rcade,Repitools,RiboProfiling,RNAprobR,咆哮,Rqc,rtracklayer,SGSeq,similaRpeak,soGGi,SplicingGraphs,分裂,TarSeqQC,trackViewer,transcriptR
建议我	alpineData,BiocParallel,计,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,oneChannelGUI,parathyroidSE,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RnaSeqTutorial,Rsamtools,拖缆
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	GenomicAlignments_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.10.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9(小牛)	GenomicAlignments_1.10.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/genomicalignments/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments/
包下载报告	下载数据