要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("GOSemSim")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GOSemSim.
Bioconductor版本:3.4
基因本体(GO)注释的语义比较为计算基因和基因组之间的相似性提供了定量方法,已成为许多生物信息学分析方法的重要基础。GOSemSim是一个用于计算GO术语、GO术语集、基因产物和基因簇之间语义相似度的R包。GOSemSim分别实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang提出的五种方法。
作者:余光创(guangchuyu at gmail.com>),由Alexey Stukalov和肖传乐贡献。
维护人员:Guangchuang Yu
引用(从R中,输入引用(“GOSemSim”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("GOSemSim")
超文本标记语言 | R脚本 | GOSemSim的介绍 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,聚类,去,网络,通路,软件 |
版本 | 2.0.4 |
在Bioconductor公司 | BioC 2.4 (R-2.9)(8年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.3.0) |
进口 | AnnotationDbi,GO.db,方法,效用 |
链接 | Rcpp |
建议 | AnnotationHub,BiocInstaller,BiocStyle,clusterProfiler,剂量,knitr,org.Hs.eg.db,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://guangchuangyu.github.io/GOSemSim |
BugReports | https://github.com/GuangchuangYu/GOSemSim/issues |
全靠我 | tRanslatome |
进口我 | clusterProfiler,剂量,网格,Rcpi |
建议我 | SemDist |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | GOSemSim_2.0.4.tar.gz |
Windows二进制 | GOSemSim_2.0.4.zip(32- & 64位) |
Mac OS X 10.9(小牛队) | GOSemSim_2.0.4.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/GOSemSim/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GOSemSim/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |