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此包适用于Bioconductor的3.4版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见FourCSeq。

对4C测序数据进行打包分析

Bioconductor版本:3.4

FourCSeq是一个R包，专门用于分析(多路复用)4C测序数据。该包提供了一个管道来检测DNA元素之间的特定相互作用，并确定条件之间的差异相互作用。R中的统计分析从每个示例的单个bam文件作为输入开始。为了获得这些文件，该包包含一个python脚本(extdata/python/demultiplex.py)，用于对库进行多路复用并删除引物序列。使用标准对齐软件，就可以生成所需的bam文件。

作者:Felix A. Klein, EMBL海德堡

维护者:Felix A. Klein < Felix。克莱恩在embl.de >

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“FourCSeq”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“FourCSeq”)

PDF	R脚本	FourCSeq
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理,测序,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0),GenomicRanges,ggplot2,DESeq2(>= 1.9.11)，样条，方法，迷幻药
进口	DESeq2,Biobase,Biostrings,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Rsamtools,ggbio,reshape2,rtracklayer,食品及药物管理局,GenomicAlignments,gtools,矩阵
链接
建议	BiocStyle,knitr,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	FourCSeq_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	FourCSeq_1.8.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	FourCSeq_1.8.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/FourCSeq/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FourCSeq/
包下载报告	下载数据