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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FindMyFriends。

微生物比较基因组学在R

Bioconductor版本:3.4

框架做微生物比较基因组学在r包的主要目的是协助创建pangenome矩阵来自相关的有机体的基因按相似性分组,以及对这些数据的分析。FindMyFriends提供了许多新方法做pangenome分析和支持一个基因尺度线性分组算法,从而使创造巨大pangenomes可行。

作者:托马斯·彼得森林

维护人员:林托马斯·皮德森< thomasp85 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“FindMyFriends”)

文档

HTML	R脚本	创建pangenomes使用FindMyFriends
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,ComparativeGenomics,DataRepresentation,GenomicVariation,GraphAndNetwork,SequenceMatching,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(1.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	方法,BiocGenerics,Biobase、工具、dplyr,IRanges,Biostrings,S4Vectors,烤肉串,igraph,矩阵,消化,filehash,Rcpp,ggplot2,gtable、网格reshape2,ggdendro,BiocParallel跑龙套,统计数据
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,reutils
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/thomasp85/FindMyFriends
BugReports	https://github.com/thomasp85/FindMyFriends/issues
取决于我
进口我	PanVizGenerator
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	FindMyFriends_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	FindMyFriends_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9(小牛)	FindMyFriends_1.4.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/findmyfriends/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FindMyFriends/
包下载报告	下载数据