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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DRIMSeq。

微分拼接和sQTL分析RNA-Seq Dirichlet-multinomial模型

Bioconductor版本:3.4

包提供了两种框架。一个微分剪接分析不同条件和一个用于sQTL分析。两者都是基于基因组特征的数量(即建模。,transcripts, exons or exonic bins) with Dirichlet-multinomial distribution. The package also makes available functions for visualization and exploration of the data and results.

作者:马格达雷娜Nowicka (aut (cre)

维护人员:马格达雷娜Nowicka < gosia。在uzh.ch nowicka >

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PDF	R脚本	微分拼接和sQTL分析在RNA-seq DRIMSeq包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,遗传学,MultipleComparison,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件,WorkflowStep
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(1年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.3.0)
进口	GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocGenerics、方法、BiocParallel,刨边机grDevices跑龙套,统计数据,ggplot2,reshape2
链接
建议	PasillaTranscriptExpr,GeuvadisTranscriptExpr、网格BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	DRIMSeq_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	DRIMSeq_1.2.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	DRIMSeq_1.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/drimseq/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DRIMSeq/
包下载报告	下载数据