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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见DESeq2．

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:3.4

基于使用负二项分布的模型，估计来自高通量测序测定的计数数据中的方差-均值依赖性，并检验差异表达。

作者:Michael Love, Simon Anders, Wolfgang Huber

维护者:Michael Love

安装

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文档

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browseVignettes(“DESeq2”)

PDF	R脚本	使用“DESeq2”软件包分析RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，圣人，测序，软件，转录
版本	1.14.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(4年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase，BiocParallel，genefilter、方法、locfit，geneplotter，ggplot2，Hmisc，Rcpp(> = 0.11.0)它
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	testthat，knitr，BiocStyle，vsn，pheatmap，RColorBrewer，气道，IHW，tximport，tximportData，readr，pasilla(> = 0.2.10)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ASpli，DChIPRep，DEXSeq，FourCSeq，MLSeq，rgsepd，移行细胞癌，XBSeq
进口我	anamiR，debrowser，反编排，DEsubs，DiffBind，eegc，EnrichmentBrowser，FourCSeq，GenoGAM，Glimma，HTSFilter，IHWpaper，isomiRs，JunctionSeq，pcaExplorer，regionReport，ReportingTools，SNPhood，systemPipeR，ToPASeq
建议我	biobroom，BiocGenerics，compcodeR，DEGreport，derfinder，diffloop，计，GenomicAlignments，GenomicRanges，IHW，JctSeqData，oneChannelGUI，phyloseq，重新计票，RUVSeq，食物，Single.mTEC.Transcriptomes，subSeq，tximport，variancePartition
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	DESeq2_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	DESeq2_1.14.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	DESeq2_1.14.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/DESeq2/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DESeq2/
软件包下载报告	下载数据