要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ deseq”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅deseq。
生物导体版本:3.4
估计来自高通量测序测定法的计数数据中的差异均值依赖性,并基于模型使用负二项式分布测试差异表达
作者:西蒙·安德斯(Simon Anders),embl heidelberg
维护者:Simon Anders
引用(从r内,输入引用(“ deseq”)
):
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要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ deseq”)
R脚本 | 用“ DESEQ”软件包分析RNA-Seq数据 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | chipseq,,,,差异性,,,,rnaseq,,,,智者,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.26.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.6(R-2.11)(7年) |
执照 | GPL(> = 3) |
要看 | 生物基因(> = 0.7.5),生物酶(> = 2.21.7),Locfit,,,,格子 |
进口 | GeneFilter,,,,Geneplotter, 方法,大量的,,,,rcolorbrewer |
链接 | |
建议 | 帕西拉(> = 0.2.10),VSN,,,,GPLOTS |
系统要求 | |
增强 | |
URL | http://www-huber.embl.de/users/anders/deseq |
取决于我 | dbchip,,,,埃达,,,,metaseqr,,,,polyfit,,,,seqgsea,,,,TCC,,,,翻译 |
进口我 | ampliqueso,,,,arrayexpresshts,,,,Desubs,,,,EasyRnaseq,,,,EDASEQ,,,,埃达,,,,GCMAP,,,,htsfilter,,,,RNASEQMAP,,,,topaseq |
建议我 | bitseq,,,,compcoder,,,,葡萄,,,,差异,,,,弯头,,,,量规,,,,GeneFilter,,,,ihwpaper,,,,Onechannelgui,,,,恰当的,,,,地区报告,,,,SSPA,,,,XBSEQ |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | deseq_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | deseq_1.26.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | deseq_1.26.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/deseq/tree/release-3.4 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/deseq/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |