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degraph

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅degraph

图上的两样本测试

生物导体版本:3.4

Degraph实施了最新的假设检验方法,该方法直接评估了在两个条件之间是否差异表达特定基因网络。这将与更古典的两步方法进行对比,该方法首先测试了单个基因,然后测试基因集以在差异表达的基因中富集。这些最近的方法考虑了网络的拓扑结构,以产生更强大的检测程序。Degraph提供了轻松测试所有基因表达数据集的差分表达的方法,以及可视化结果的工具。

作者:Laurent Jacob,Pierre Neuvial和Sandrine Dudoit

维护者:laurent Jacob

引用(从r内,输入引用(“ degraph”)):

安装

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文档

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browsevignettes(“ degraph”)

PDF R脚本 DEGRAPH:基因网络的差异表达测试
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 决策树,,,,差异性,,,,GraphandNetwork,,,,微阵列,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,软件
版本 1.26.0
在生物导体中 Bioc 2.7(R-2.12)(6。5年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 2.10.0),r.utils
进口 图形,,,,kegggraph,,,,格子,,,,mvtnorm,,,,R.Methodss3,,,,rbgl,,,,rgraphviz,,,,rrcov,,,,ncigraph
链接
建议 公司,,,,字段,,,,图形,,,,kegggraph,,,,格子,,,,Marray,,,,rbgl,,,,rrcov,,,,rgraphviz,,,,ncigraph
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 topaseq
构建报告

包装档案

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包源 degraph_1.26.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.9(Mavericks)
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/degraph/tree/release-3.4
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/degraph/
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