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此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅degraph。
生物导体版本:3.4
Degraph实施了最新的假设检验方法,该方法直接评估了在两个条件之间是否差异表达特定基因网络。这将与更古典的两步方法进行对比,该方法首先测试了单个基因,然后测试基因集以在差异表达的基因中富集。这些最近的方法考虑了网络的拓扑结构,以产生更强大的检测程序。Degraph提供了轻松测试所有基因表达数据集的差分表达的方法,以及可视化结果的工具。
作者:Laurent Jacob,Pierre Neuvial和Sandrine Dudoit
维护者:laurent Jacob
引用(从r内,输入引用(“ degraph”)
):
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browsevignettes(“ degraph”)
R脚本 | DEGRAPH:基因网络的差异表达测试 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 决策树,,,,差异性,,,,GraphandNetwork,,,,微阵列,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,软件 |
版本 | 1.26.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.7(R-2.12)(6。5年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 2.10.0),r.utils |
进口 | 图形,,,,kegggraph,,,,格子,,,,mvtnorm,,,,R.Methodss3,,,,rbgl,,,,rgraphviz,,,,rrcov,,,,ncigraph |
链接 | |
建议 | 公司,,,,字段,,,,图形,,,,kegggraph,,,,格子,,,,Marray,,,,rbgl,,,,rrcov,,,,rgraphviz,,,,ncigraph |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | topaseq |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | degraph_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/degraph/tree/release-3.4 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/degraph/ |
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