要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“文案”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见文案.
Bioconductor版本:3.4
文案利用脱靶读取从靶向测序中提取DNA拷贝数信息。它允许提取均匀分布的拷贝数信息,可以在不参考的情况下使用,并且可以应用于从各种技术获得的测序数据,包括染色质免疫沉淀和小基因板上的目标富集。因此,CopywriteR构成了一个广泛适用的替代可用的副本数检测工具。
作者:Thomas Kuilman
维护人员:Thomas KuilmanKuilman在nki.nl>
引文(从R内,输入引用(文案)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“文案”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(文案)
R脚本 | 文案 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariation,报道,ExomeSeq,预处理,软件,TargetedResequencing,可视化 |
版本 | 2.6.0 |
在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(2年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 3.2),BiocParallel |
进口 | matrixStats,gtools,data.table,S4Vectors,chipseq,IRanges,Rsamtools,DNAcopy,GenomicAlignments,GenomicRanges,CopyhelpeR,GenomeInfoDb,futile.logger |
链接 | |
建议 | BiocStyle,SCLCBam,雪 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/PeeperLab/CopywriteR |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | CopywriteR_2.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | CopywriteR_2.6.0.zip |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | CopywriteR_2.6.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/CopywriteR/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CopywriteR/ |
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