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Coregnet
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此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅Coregnet。
Coregnet：共同调节网络的重建和集成分析
生物导体版本：3.4
该软件包提供了识别活动转录程序的方法。提供了从转录组数据导入或推断大规模共调节网络的方法和类。编码网络的特异性是建模转录因子合作。可以集成外部监管证据（TFB，芯片，...）以评估推断的网络并在必要时进行完善。可以使用其在给定样本中的影响度量来估计网络中调节剂的转录活性。最后，可以使用交互式UI在合作调节器的网络中导航，并在特定的样本或亚组样本中可视化其活动。提出的可视化工具可用于整合基因表达，转录活性，拷贝数状态，样本分类和包括共调节信息的转录网络。
作者：雷米·尼科尔（Remy Nicolle），Thibault Venzac和Mohamed Elati
维护者：雷米·尼科尔（Remy Nicolle）
引用（从r内，输入引用（“ Coregnet”））：
安装
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文档
| html | R脚本 | 自定义打印方法 |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 基因表达，，，，结肠管制，，，，GraphandNetwork，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，网络引导，，，，软件，，，，系统生物学，，，，转录，，，，可视化 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（2。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 2.14），Igraph，，，，闪亮的，，，，阿鲁斯， 方法 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | rcolorbrewer，，，，GPLOTS，，，，生物使用，，，，尼特 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | coregnet_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | coregnet_1.10.0.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | coregnet_1.10.0.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/coregnet/tree/release-3.4 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/coregnet/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
