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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CVE。

癌症变异探险家

Bioconductor版本:3.4

闪亮的应用互动不同优先级的精密癌症药物。CVE的输入文件的输出文件是最近发布的Oncotator变异注释工具总结variant-centric信息来自14个不同的公开资源相关的癌症研究。互动priortisation CVE是基于已知的生殖系和癌症变异,DNA修复基因和功能预测的分数。CVE的一个可选的特性是肿瘤特异途径的探索环境,促进从公开的转录组数据使用co-expression模块生成的。最后druggability优先变异评估使用药物基因交互数据库(DGIdb)。

作者:Andreas模拟(aut (cre)

维修工:Andreas模拟<模拟。在gmail.com科学>

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (CVE)

文档

HTML	R脚本	癌症变异Explorer (CVE)教程
HTML	R脚本	与TCGA RNAseq数据加权基因co-expression网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3),闪亮的,ConsensusClusterPlus,RColorBrewer,gplots,plyr,ggplot2,jsonlite,猿,WGCNA
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	CVE_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	CVE_1.0.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	CVE_1.0.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/cve/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CVE/
包下载报告	下载数据