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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅食典委。

标准化和拷贝数变异检测方法全外显子组测序

Bioconductor版本:3.4

归一化和DNA拷贝数变异过程呼吁全外显子组测序数据。法典依赖于可用性的多个样品使用相同的测序管道为归一化处理,并且不需要匹配控制。法典中的归一化模型包括条款,特别是由于GC含量,消除偏见外显子长度和定位和扩增效率和潜在的系统性工件。食典委还包括一个基于泊松基于可能性递归分割过程,明确模型点外显子组测序数据。

作者:江刘宇超(音),南希·r·张

维护人员:江刘宇超(音)在wharton.upenn.edu < yuchaoj >

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PDF	R脚本	使用食品
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,ExomeSeq,归一化,质量控制,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.3),Rsamtools,GenomeInfoDb,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,IRanges,Biostrings,S4Vectors
进口
链接
建议	WES.1KG.WUGSC
SystemRequirements
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包档案

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包的来源	CODEX_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	CODEX_1.6.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	CODEX_1.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/codex/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CODEX/
包下载报告	下载数据