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此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BitSeq．

RNA-seq数据的转录表达推理和差异表达分析

Bioconductor版本:3.4

BitSeq包主要用于RNA-seq数据的转录本表达分析和差异表达分析，分两阶段进行。在第一阶段，它使用贝叶斯推理方法从单个RNA-seq实验推断单个转录本的表达。BitSeq的第二阶段包括转录本表达的差异表达分析。从多个条件的重复中提供表达估计，使用估计的Log-Normal模型推断条件平均转录本表达，并根据差异表达的可能性对转录本排序。

作者:彼得·格劳斯，安蒂·本克拉和马格努斯·拉特雷

维护者:Antti Honkela < Antti。Honkela在hiit。fi>， Panagiotis Papastamoulis < Panagiotis。Papastamoulis在manchester.ac.uk>

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http:// if https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("BitSeq")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“BitSeq”)

PDF	R脚本	BitSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，贝叶斯，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，转录
版本	1.18.0
在Bioconductor公司	BioC 2.10 (R-2.15)(5年)
许可证	artist -2.0 +文件许可证
取决于	Rsamtools，zlibbioc
进口	S4Vectors，IRanges
链接	Rsamtools(> = 1.19.38),zlibbioc
建议	刨边机，DESeq，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	BitSeq_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	BitSeq_1.18.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.9(小牛队)	BitSeq_1.18.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/BitSeq/tree/release-3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BitSeq/
软件包下载报告	下载数据