要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“BadRegionFinder”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

BadRegionFinder

此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见BadRegionFinder

BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包,用于识别覆盖不良的区域

Bioconductor版本:3.4

BadRegionFinder是一个包,用于在可用的bam文件中的序列对齐数据中识别坏的、可接受的和好的覆盖区域。整个基因组可以看作是一组目标区域。各种可视和文本类型的输出是可用的。

作者:Sarah Sandmann

维护者:Sarah Sandmann < Sarah。桑德曼在uni-muenster.de>

引文(从R内,输入引用(“BadRegionFinder”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“BadRegionFinder”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BadRegionFinder”)

PDF R脚本 使用BadRegionFinder
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐分类报道测序软件WholeGenome
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(1年)
许可证 LGPL-3
取决于
进口 VariantAnnotationRsamtoolsbiomaRtGenomicRangesS4Vectors, utils,统计,grDevices,图形
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 BadRegionFinder_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 BadRegionFinder_1.2.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks) BadRegionFinder_1.2.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/BadRegionFinder/tree/release-3.4
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BadRegionFinder/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网