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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BaalChIP。

BaalChIP:贝叶斯分析allele-specific在癌症基因组转录因子结合

Bioconductor版本:3.4

包提供函数来处理多个ChIP-seq BAM文件和检测allele-specific事件。在个人计算等位基因数变异(snp / SNVs),实现了广泛的质量控制步骤删除有问题的变异,并利用贝叶斯框架确定统计学意义等位基因——特定事件。BaalChIP能够占到两个等位基因拷贝数之间的差异,一个已知的癌症样本的表型特征。

作者:伊内斯·德·圣地亚哥,魏Liu柯原著,布鲁斯·思考Kerstin Meyer Florian Markowetz

维修工:伊内斯·德·圣地亚哥< ines.deSantiago在cruk.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

HTML	R脚本	分析ChIP-seq和FAIRE-seq BaalChIP包数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,ChIPSeq,测序,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.1),GenomicRanges,IRanges,Rsamtools
进口	GenomicAlignments,GenomeInfoDb,doParallel平行,杜比环绕声系统,reshape2,尺度,coda,foreach,ggplot2、方法、跑龙套、图形、统计数据
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	BaalChIP_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	BaalChIP_1.0.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	BaalChIP_1.0.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/baalchip/tree/release - 3.4
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BaalChIP/
包下载报告	下载数据