要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . ptroglodytes . ucsc . pantro2 .mask”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2.masked

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2.masked

泛穴居动物全掩模基因组序列(UCSC版本panTro2)

Bioconductor版本:3.2

由UCSC (panTro2, 2006年3月)提供并存储在Biostrings对象中的Pan troglodytes(黑猩猩)全基因组序列。序列与BSgenome.Ptroglodytes.UCSC相同。(1)组装间隙的掩码(AGAPS掩码),(2)contig内歧义的掩码(AMB掩码),(3)RepeatMasker中的重复掩码(RM掩码),以及(4)Tandem repeats Finder中的重复掩码(TRF掩码)。默认情况下,只有AGAPS和AMB掩码是“活动的”。

作者:Bioconductor开发团队

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2.masked”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . ptroglodytes . ucsc . pantro2 .mask”)

文档

PDF 参考手册

细节

biocViews AnnotationDataBSgenome遗传学Pan_troglodytes
版本 1.3.99
许可证 艺术- 2.0
取决于 BSgenome(> = 1.31.8),BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2
进口 BSgenomeBSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2.masked_1.3.99.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2.masked/
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