5.3版本的变化o新的VCF摘录，用于演示cisAssoc VCF- summarizeexperimental分析GGtools，仅用于遗留/迁移目的;使用gQTLBase和gQTLstats而不是在版本4.11 ---------------------- o评估和calfig提供了促进评估基于eqtl的GWAS命中预测o cisAssoc已添加从summarize实验和VCF的变体o CisConfig实例keepMapCache现在默认为TRUE o命名对称我们现在有cisScores和transScores操作在CisConfig和TransConfig实例分别o添加transeqByCluster()为嵌套并发反式搜索o增加了TransConfig类来控制反式搜索，并相应地修改了transScores o增加了hmm878, GM12878的染色质地图，用于评估染色质状态富集o增加了gffprocess()，当All时使用。Cis用于生成特定于块的gff3: gffprocess使用外部sort/grep/tabix将块统一到一个单独的tabix索引的gff3 o pifdr()已经更改，以避免网格上的近似，并使用hist()更快速地计算排列分数的分组;旧的行为可恢复与legacy=TRUE o cisqbycluster()使用嵌套的并发执行顺式搜索change IN VERSION 4.10 ---------------------- o大幅修订的小插曲CHANGES IN VERSION 4.9 ---------------------- o所有。cis接受CisConfig实例来定义cis搜索的参数CHANGES IN VERSION 4.7 ---------------------- o添加了snplocsDefault()函数，以简化对snplocs . hsapens . dbsnp的适当选择。sensanal()函数现在在sensiCisInput实例上操作，以帮助提供顺式eqtl搜索的灵敏度分析概述---------------------- o用于单种群分析的主要工具是best.cis.eQTLs和transScores。使用meta.best.cis.eQTLs和meta.transScores处理多种群分析。o通过包装ExpressionSet和染色体特异性SnpMatrix实例处理了大量基因型数据;表达+基因型数据的请求被定向到通过GGBase::getSS介导的包中。可以在主要工具中联合使用的两种数据过滤参数是exFilter，它在任何分析之前操作表达式组件，以及smFilter，它操作整个smlSet。 exFilter may be used to isolate samples of interest early in the workflow, for example when an expression plus genotype package includes samples from distinct tissues on the same individuals. o june 2012: exFilter facility properly handled in best.cis.eQTLs.mchr o may 2012: best.cis.eQTLs has getDFFITS option o march 2010: gwSnpTests and so forth are deprecated in favor of simpler interfaces that can be more readily parallelized. New IRanges-based computations for cis restrictions will be introduced CHANGES IN VERSION 3.0 ---------------------- o march 2008: complete overhaul to use snpMatrix genotype representation. gwSnpScreen is main interface o manage warnings of ff.[ a bit better, May 13 2012 o racExSet is not a primary tool any more; smlSet is