要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("xcms")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本,请参见xcms.
Bioconductor版本:3.2
色谱分离和单光谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NetCDF, mzXML, mzData和mzML文件导入。预处理数据,用于高通量,非目标分析物分析。
作者:Colin A. Smith
维护人员:Steffen Neumann
引用(从R中,输入引用(“xcms”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("xcms")
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“xcms”)
用xcms对FTICR-MS数据进行分组 | ||
xcms安装说明 | ||
用xcms进行LC/MS预处理与分析 | ||
用xcms处理串联MS和MS$^n$数据 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | MassSpectrometry,代谢组学,软件 |
版本 | 1.46.0 |
在Bioconductor公司 | BioC 1.6 (R-2.1)或更早版本(> 11年) |
许可证 | GPL(>= 2) +文件许可证 |
取决于 | R(>= 2.14.0),方法,mzR(> = 1.1.6),BiocGenerics,ProtGenerics,Biobase |
进口 | 晶格,RColorBrewer |
链接 | |
建议 | faahKO,msdatancdf,乘,rgl,MassSpecWavelet(> = 1.5.2),RANN,RUnit、并行 |
SystemRequirements | |
增强了 | Rgraphviz,Rmpi,XML |
URL | http://metlin.scripps.edu/download/而且https://github.com/sneumann/xcms |
BugReports | https://github.com/sneumann/xcms/issues/new |
全靠我 | 相机,faahKO,flagme,金属底座,metaMS |
进口我 | 相机,cosmiq,MAIT,metaX,Risa |
建议我 | MassSpecWavelet,msdata,mtbls2,RforProteomics,RMassBank |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | xcms_1.46.0.tar.gz |
Windows二进制 | xcms_1.46.0.zip(32- & 64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | xcms_1.46.0.tgz |
Mac OS X 10.9(小牛队) | xcms_1.46.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/xcms/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |