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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅wavClusteR。

敏感和高度解决识别PAR-CLIP rna蛋白质交互网站的数据

Bioconductor版本:3.2

一个全面的管道PAR-CLIP数据的分析。PAR-CLIP-induced转换首先从测序错误,歧视SNPs和其他非实验来源的非参数混合模型。蛋白质结合位点(集群)然后解决在高分辨率和集群使用严格的统计估计贝叶斯框架。后处理的结果,数据导出UCSC基因组浏览器可视化和主题搜索分析。此外,该计划允许集成RNA-Seq数据估计集群的错误发现率检测。关键功能支持并行多核计算。注意:虽然PAR-CLIP wavClusteR设计数据分析,它可以被应用到其他门店数据分析中得到了实验过程,从而诱导核苷酸替换(例如BisSeq)。

作者:费德里科•斯文Comoglio和杰姆

维护人员:费德里科•Comoglio < federico.comoglio在bsse.ethz.ch >

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PDF		wavClusteR
PDF		参考手册

细节

biocViews	HighThroughputSequencing,软件
版本	2.4.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0.0),GenomicRanges,Rsamtools
进口	Biostrings,foreach,GenomicFeatures,ggplot2,Hmisc,IRanges,mclust,rtracklayer,seqinr,stringr,wmtsa
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了	doMC
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	wavClusteR_2.4.1.tar.gz
Windows二进制	wavClusteR_2.4.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	wavClusteR_2.4.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	wavClusteR_2.4.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/wavcluster/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/wavClusteR/
包下载报告	下载数据