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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅seq2pathway。

小说的工具功能的基因簇(或称为通路)下一代测序数据的分析

Bioconductor版本:3.2

Seq2pathway是一种新型的工具功能基因片段(或称为通路)下一代测序数据的分析,包括“seq2gene”和“gene2path”组件。seq2gene链接sequence-level基因组区域的测量(包括单核苷酸多态性或点突变坐标)能够得分,和分数为每个样本pathway-scores gene2pathway总结基因。seq2gene分配这两个编码的可行性和non-exon地区更广泛的比只最近的一个相邻的基因,从而促进功能的非编码区域的研究。gene2pathway考虑的数量意义为通路中的基因成员相比以外的一个途径。seq2pathway的输出是一个总体结构量化pathway-level分数,从而允许一个功能解释RNA-seq等数据集,ChIP-seq GWAS,来自其他第二代测序实验。

作者:杨新安< xyang2 uchicago.edu >;本王< binw uchicago.edu >

维护人员:杨新安< xyang2 uchicago.edu >贡献从洛伦佐Pesce < lpesce uchicago.edu >和安娜Marija Sokovic < anamarija uchicago.edu >

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文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.10.0)
进口	nnet,WGCNA,GSA,biomaRt,GenomicRanges,seq2pathway.data
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包档案

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包的来源	seq2pathway_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	seq2pathway_1.2.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	seq2pathway_1.2.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	seq2pathway_1.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/seq2pathway/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seq2pathway/
包下载报告	下载数据