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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见rtracklayer．

R接口到基因组浏览器及其注释跟踪

Bioconductor版本:3.2

可扩展的框架，用于与多个基因组浏览器交互(目前内置UCSC)，并以各种格式操作注释轨道(目前内置GFF、BED、bedGraph、BED15、WIG、BigWig和2bit)。用户可以从受支持的浏览器中导出/导入曲目，以及查询和修改浏览器状态，例如当前的视口。

作者:迈克尔·劳伦斯，文斯·凯里，罗伯特·绅士

维护者:Michael Lawrence

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“rtracklayer”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rtracklayer”)

PDF		rtracklayer
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，DataImport，软件，可视化
版本	1.30.4
在Bioconductor	BioC 2.2 (R-2.7)(8年)
许可证	art -2.0 +文件许可
取决于	R(>= 2.10)，方法，GenomicRanges(> = 1.21.20)
进口	XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.7.11),IRanges(> = 2.3.7),XVector(> = 0.9.4),GenomeInfoDb(> = 1.3.14),Biostrings(> = 2.37.1),zlibbioc，RCurl(> = 1.4 2),Rsamtools(> = 1.17.8),GenomicAlignments(>= 1.5.4)，工具
链接	S4Vectors，IRanges，XVector
建议	BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell，微(> = 1.1.1),genefilter，limma，org.Hs.eg.db，hgu133plus2.db，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	BSgenome，ChIPComp，CoverageView，腰带，EatonEtAlChIPseq，epivizr，exomePeak，GenomicFiles，groHMM，吉他，IdeoViz，MethylSeekR，r3Cseq，地区，RIPSeeker，连接工具
进口我	AnnotationHubData，舞会礼服，BiSeq，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，CexoR，ChIPseeker，ChromHeatMap，cn，彗星，CompGO，conumee，customProDB，derfinder，ensembldb，erma，FourCSeq，FunciSNP，FunciSNP.data，geneLenDataBase，genomation，GenomicFeatures，genotypeeval，ggbio，GGtools，gmapR，哥特，gQTLBase，GreyListChIP，Gviz，gwascat，hiAnnotator，HiTC，HTSeqGenie，MEDIPS，metagene，methyAnalysis，motifbreakR，MotifDb，Pbase，PGA，proBAMr，QuasR，地区，Repitools，RiboProfiling，RNAprobR，咆哮，seqplots，SGSeq，similaRpeak，soGGi，SVM2CRM，TFBSTools，trackViewer，VariantAnnotation，VariantTools，wavClusteR
建议我	AnnotationHub，biovizBase，ChIPpeakAnno，compEpiTools，dsQTL，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，GenomicAlignments，GenomicRanges，ggtut，goseq，ind1KG，InPAS，interactiveDisplay，metaseqR，methylumi，MotIV，NarrowPeaks，oneChannelGUI，OrganismDbi，图片，平，R453Plus1Toolbox，林格，rMAT，RnBeads，RSVSim，三层，TSSi
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	rtracklayer_1.30.4.tar.gz
Windows二进制	rtracklayer_1.30.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	rtracklayer_1.30.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	rtracklayer_1.30.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/rtracklayer/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rtracklayer/
软件包下载报告	下载数据