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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rCGH。

综合管道分析和可视化安捷伦和Affymetrix基于数组的全息数据

Bioconductor版本:3.2

综合管道分析和交互式可视化基因生成配置文件通过安捷伦和Affymetrix微阵列。作为输入,rCGH支持安捷伦既特征提取文件(. txt),从44到400 k, Affymetrix SNP6.0和cytoScan probeset。txt, cychp。txt和cnchp。txt文件,从底盘或Affymetrix出口电动工具。这个包接管基因组概要分析所需的所有步骤,从阅读的文件分割和基因注释,并提供一些可视化功能(静态或互动),便于资料的解释。输入文件可以在压缩格式,例如bz2或. gz和。

作者:弗雷德里克通讯器(aut (cre)

维修工:弗雷德里克通讯器< frederic.commo在gustaveroussy.fr >

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细节

biocViews	CopyNumberVariation,FeatureExtraction,预处理,软件,aCGH
版本	1.0.2中
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.2.1)方法
进口	plyr,DNAcopy,晶格,aCGH,ggplot2、网格闪亮的(> = 0.11.1),limma,affy,mclust,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,GenomicRanges,AnnotationDbi、并行数据,跑龙套,图形,IRanges,grDevices
链接
建议	BiocStyle,knitr,BiocGenerics,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fredcommo/rCGH
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	rCGH_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	rCGH_1.0.2.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	rCGH_1.0.2.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	rCGH_1.0.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rcgh/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rCGH/
包下载报告	下载数据