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NPGSEA
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此软件包适用于生物导体的3.2版；对于稳定的最新版本，请参阅NPGSEA。
基因集富集分析的排列近似方法（非渗透GSEA）
生物导体版本：3.2
当前的基因集富集方法取决于推理的排列。这些方法在计算上是昂贵的，并且根据排列数量，而不是实际观察到的统计数据，具有最低可实现的p值。我们已经为两个基因集富集测试统计的置换分布得出了三个参数近似。我们能够用我们的方法减少置换测试的计算负担和粒度问题，该方法已在此软件包中实现。NPGSEA在没有排列的计算成本的情况下计算基因集富集统计和p值。它适用于一个或多个基因集令人感兴趣的设置。还有内置的绘图功能，可帮助用户可视化结果。
作者：杰西卡·拉尔森（Jessica Larson）和欧文（Art Owen）
维护者：jessica larson
引用（从r内，输入引用（“ npgsea”））：
安装
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文档
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browsevignettes（“ npgsea”）
| 使用“ NPGSEA”软件包运行基因集富集分析 | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 基因烯，，，，微阵列，，，，途径，，，，软件，，，，统计信息 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.14（R-3.1）（2年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | gseabase（> = 1.24.0） |
| 进口 | 生物酶， 方法，生物基因，图形，统计 |
| 链接 | |
| 建议 | 全部，，，，GeneFilter，，，，林玛，，，，HGU95AV2.DB，，，，报告工具，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 富集兄弟 |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | npgsea_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | npgsea_1.6.0.zip |
| Mac OS X 10.6（雪豹） | npgsea_1.6.0.tgz |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | npgsea_1.6.0.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/npgsea/tree/release-3.2 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/npgsea/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
