要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“mzR”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见mzR.
Bioconductor版本:3.2
mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了ISB随机访问解析器的包装,用于质谱mzXML, mzData和mzML文件。这个包包含ISB编写的原始代码,以及用于mzML和mzIdentML的proteowizard库的一个子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。
作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou
维护者:Bernd Fischer , Steffen Neumann
引文(从R内,输入引用(“mzR”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“mzR”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“mzR”)
获取原始质谱分析和鉴定数据 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,基础设施,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件 |
版本 | 2.4.1 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | Rcpp(>= 0.10.1),方法,utils |
进口 | Biobase,BiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics |
链接 | Rcpp,zlibbioc |
建议 | msdata(> = 0.3.5),RUnit,mzID,BiocStyle,knitr |
SystemRequirements | GNU制作,NetCDF |
增强了 | |
URL | https://github.com/sneumann/mzR/ |
BugReports | https://github.com/sneumann/mzR/issues/new |
全靠我 | MSGFgui,MSnbase,xcms |
进口我 | Pbase,ProteomicsAnnotationHubData,RMassBank,SIMAT |
建议我 | AnnotationHub,qcmetrics,RforProteomics |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | mzR_2.4.1.tar.gz |
Windows二进制 | mzR_2.4.1.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | mzR_2.4.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | mzR_2.4.1.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/mzR/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/mzR/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |