要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“methyAnalysis”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见methyAnalysis.
Bioconductor版本:3.2
methylanalysis包的目标是DNA甲基化数据分析和可视化。定义了一个methylgenoset类来保存染色体位置信息和数据。该软件包还包括从Methy-Seq数据估计甲基化水平的功能。
作者:潘度,理查德·布尔根
维护者:Pan Du
引文(从R内,输入引用(“methyAnalysis”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“methyAnalysis”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“methyAnalysis”)
甲基分析包的介绍 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNAMethylation,微阵列,软件,可视化 |
版本 | 1.12.2 |
在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 2.10),网格,BiocGenerics,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,Biobase(> = 2.5.5),org.Hs.eg.db |
进口 | 光民,methylumi,Gviz,genoset,GenomicRanges,VariantAnnotation,IRanges,rtracklayer,GenomicFeatures,注释,Biobase(> = 2.5.5),AnnotationDbi,genefilter,biomaRt,方法,并行 |
链接 | |
建议 | FDb.InfiniumMethylation.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | methylumi |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | methyAnalysis_1.12.2.tar.gz |
Windows二进制 | methyAnalysis_1.12.2.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | methyAnalysis_1.12.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | methyAnalysis_1.12.2.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/methyAnalysis/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/methyAnalysis/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |