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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metagenomeSeq。

统计分析稀疏的高通量测序

Bioconductor版本:3.2

metagenomeSeq旨在确定功能(操作Taxanomic单元(OTU)、物种等)丰富的两个或两个以上的组之间不同的多个样本。metagenomeSeq旨在解决标准化和under-sampling微生物群落的影响对疾病协会检测和测试功能的相关性。

作者:约瑟夫•纳撒尼尔·保尔森Hisham Talukder,国王流行,赫克托耳Corrada布拉沃

维修工:约瑟夫·n·保尔森< jpaulson umiacs.umd.edu >

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browseVignettes (“metagenomeSeq”)

PDF		通过时间或地点fitTimeSeries:微分丰度分析
PDF		metagenomeSeq:统计分析稀疏的高通量测序
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,DifferentialExpression,GeneticVariability,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,归一化,测序,软件,可视化
版本	1.12.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0),Biobase,limma,glmnet、方法、RColorBrewer
进口	平行,matrixStats,foreach,矩阵,gplots
链接
建议	注释,BiocGenerics,biom,knitr,gss,RUnit,素食主义者,interactiveDisplay
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/
BugReports	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues
取决于我	msd16s
进口我
建议我	interactiveDisplay,phyloseq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	metagenomeSeq_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	metagenomeSeq_1.12.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	metagenomeSeq_1.12.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	metagenomeSeq_1.12.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/metagenomeseq/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeSeq/
包下载报告	下载数据