要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“genoset”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见genoset.
Bioconductor版本:3.2
加载、操作和绘制copynumber和BAF数据。GenoSet类通过为GRanges对象添加“locData”插槽扩展eSet。该对象包含特征基因组定位数据,并提供了基因组定位的有效子集设置。提供方便的拷贝数和b -等位频率数据处理功能。提供类RleDataFrame来存储多个样本的基因组数据。
作者:Peter M. Haverty
维护者:Peter M. Haverty < phverty at gene.com>
引文(从R内,输入引用(“genoset”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“genoset”)
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariation,DataRepresentation,基础设施,微阵列,单核苷酸多态性,软件 |
版本 | 1.24.0 |
在Bioconductor | BioC 2.8 (R-2.13)(5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),BiocGenerics(> = 0.11.3),Biobase(> = 2.15.1),GenomicRanges(> = 1.17.19),SummarizedExperiment |
进口 | S4Vectors(> = 0.2.3),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),IRanges、方法、图形 |
链接 | |
建议 | RUnit,knitr,BiocStyle,DNAcopy统计数据,BSgenome,Biostrings |
SystemRequirements | |
增强了 | 平行 |
URL | https://github.com/phaverty/genoset |
全靠我 | VegaMC |
进口我 | methyAnalysis |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | genoset_1.24.0.tar.gz |
Windows二进制 | genoset_1.24.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | genoset_1.24.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | genoset_1.24.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/genoset/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/genoset/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |