要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“genoset”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

genoset

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见genoset

提供类似ExpressionSet的类用于拷贝数分析

Bioconductor版本:3.2

加载、操作和绘制copynumber和BAF数据。GenoSet类通过为GRanges对象添加“locData”插槽扩展eSet。该对象包含特征基因组定位数据,并提供了基因组定位的有效子集设置。提供方便的拷贝数和b -等位频率数据处理功能。提供类RleDataFrame来存储多个样本的基因组数据。

作者:Peter M. Haverty

维护者:Peter M. Haverty < phverty at gene.com>

引文(从R内,输入引用(“genoset”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“genoset”)

文档

PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariationDataRepresentation基础设施微阵列单核苷酸多态性软件
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 2.8 (R-2.13)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.10),BiocGenerics(> = 0.11.3),Biobase(> = 2.15.1),GenomicRanges(> = 1.17.19),SummarizedExperiment
进口 S4Vectors(> = 0.2.3),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),IRanges、方法、图形
链接
建议 RUnitknitrBiocStyleDNAcopy统计数据,BSgenomeBiostrings
SystemRequirements
增强了 平行
URL https://github.com/phaverty/genoset
全靠我 VegaMC
进口我 methyAnalysis
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 genoset_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 genoset_1.24.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) genoset_1.24.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) genoset_1.24.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/genoset/tree/release-3.2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/genoset/
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