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此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本，请参见gdsfmt．

CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的接口

Bioconductor版本:3.2

这个包为CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件提供了一个高级的R接口，这些数据文件可以跨平台移植，具有分层结构，可以存储多个具有元数据信息的可伸缩面向数组的数据集。它适用于大规模数据集，特别是那些比可用的随机访问存储器大得多的数据。gdsfmt包提供了专门为小于8位的整数设计的高效操作，因为单个遗传/基因组变体，如单核苷酸多态性(SNP)，通常占用的比特数少于一个字节。数据压缩和解压也支持相对高效的随机访问。它允许并行读取一个GDS文件与包并行支持的多个R进程。

作者:郑秀文[aut, cre]， Stephanie Gogarten [ctb]， Jean-loup gally和Mark Adler [ctb](包含zlib源代码)，Yann Collet [ctb](包含LZ4源代码)

维护人员:郑秀文

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("gdsfmt")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“gdsfmt”)

超文本标记语言		CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的接口
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，软件
版本	1.6.2
在Bioconductor公司	BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 2.14.0)
进口	方法
链接
建议	平行,蜡笔，RUnit，knitr，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	http://corearray.sourceforge.net/http://github.com/zhengxwen/gdsfmt
BugReports	http://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues
全靠我	SeqArray，SNPRelate
进口我	《创世纪》，GWASTools，SeqVarTools
建议我	HIBAG
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	gdsfmt_1.6.2.tar.gz
Windows二进制	gdsfmt_1.6.2.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)	gdsfmt_1.6.2.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队)	gdsfmt_1.6.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/gdsfmt/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gdsfmt/
软件包下载报告	下载数据