要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“fastseg”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见fastseg.
Bioconductor版本:3.2
Fastseg实现了一个非常快速有效的分割算法。它具有与DNACopy类似的功能(Olshen and Venkatraman 2004),但要快得多,灵活得多。fastseg可以分割DNA微阵列数据和下一代测序数据,例如检测拷贝数段。此外,它还可以从RNA微阵列(如平铺阵列)中分割数据,以识别转录本。一般来说,它可以分割以矩阵或向量形式给出的数据。不同的数据格式可以用作fastseg的输入,例如用于微阵列的表达式集对象或用于测序数据的grange。fastseg的分割标准是基于贝叶斯框架中的统计检验,即网络t检验(Baldi 2001)。加速的原因是,在快速分段中不需要采样,并且使用动态规划方法计算分段的一阶和高阶矩。
作者:Guenter Klambauer
维护者:Guenter Klambauer
引文(从R内,输入引用(“fastseg”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“fastseg”)
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browseVignettes(“fastseg”)
fastseg: R包手册 | ||
参考手册 |
biocViews | 分类,CopyNumberVariation,软件 |
版本 | 1.16.0 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | LGPL (>= 2.0) |
取决于 | R (>= 2.13),GenomicRanges,Biobase |
进口 | 图形、统计、IRanges,BiocGenerics |
链接 | |
建议 | DNAcopy,益生元 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/fastseg.html |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | fastseg_1.16.0.tar.gz |
Windows二进制 | fastseg_1.16.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | fastseg_1.16.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | fastseg_1.16.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/fastseg/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/fastseg/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |