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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见ensembldb．

实用程序来创建和使用基于Ensembl的注释数据库

Bioconductor版本:3.2

该包提供了创建和使用以记录为中心的注释数据库/包的函数。数据库的注释是使用Ensembl的Perl API直接从其获取的。其功能和数据类似于来自GenomicFeatures包的TxDb包，但是，除了从数据库中检索所有基因/转录模型和注释之外，ensembldb包还提供了一个过滤器框架，允许检索特定条目的注释，如编码在染色体区域上的基因或lincRNA基因的转录模型。

作者:Johannes Rainer < Johannes。Rainer在eurac。edu>，Tim Triche

维护者:Johannes Rainer < Johannes。Rainer在eurac。edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ensembldb”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ensembldb”)

PDF		生成基于Ensembl的注释包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData，报道，遗传学，测序，软件
版本	1.2.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(1年)
许可证	LGPL
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10),GenomicRanges，GenomicFeatures
进口	方法,RSQLite，DBI，Biobase，GenomeInfoDb，AnnotationDbi(> = 1.31.19),rtracklayer，S4Vectors，AnnotationHub，Rsamtools，IRanges
链接
建议	knitr，BiocStyle，EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),RUnit，闪亮的
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jotsetung/ensembldb
BugReports	https://github.com/jotsetung/ensembldb/issues
全靠我	EnsDb.Hsapiens.v75，EnsDb.Hsapiens.v79，EnsDb.Mmusculus.v75，EnsDb.Mmusculus.v79，EnsDb.Rnorvegicus.v75，EnsDb.Rnorvegicus.v79
进口我	ChIPpeakAnno
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ensembldb_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	ensembldb_1.2.2.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ensembldb_1.2.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ensembldb_1.2.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ensembldb/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ensembldb/
软件包下载报告	下载数据