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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见刨边机．

R .基因数字表达数据的实证分析

Bioconductor版本:3.2

生物复制RNA-seq表达谱的差异表达分析。实现了一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和准似然检验。除了RNA-seq，它还可以应用于其他类型的基因组数据的差分信号分析，包括ChIP-seq, SAGE和CAGE。

作者:陈云顺， Aaron Lun ， Davis McCarthy ，周小北<小北。周在uzh。ch>， Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh。ch>，戈登·史密斯<史密斯at wehi.edu.au>

维护者:陈云顺， Aaron Lun ， Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh。ch>， Davis McCarthy ， Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>

安装

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文档

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browseVignettes(磨边机)

PDF		磨边机装饰图案
PDF		edgeRUsersGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，ChIPSeq，聚类，报道，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，MultipleComparison，归一化，质量控制，RNASeq，回归，圣人，测序，软件，TimeCourse，转录
版本	3.12.1
在Bioconductor	BioC 2.3 (R-2.8)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.15.0)，limma
进口	方法
链接
建议	质量，statmod样条函数,locfit，KernSmooth
SystemRequirements
增强了
URL	http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR
全靠我	DBChIP，埃达，外套，methylMnM，MLSeq，RnaSeqSampleSizeData，RUVSeq，移行细胞癌，tRanslatome
进口我	ampliQueso，ArrayExpressHTS，compcodeR，csaw，DEGreport，DiffBind，diffHic，easyRNASeq，埃达，EnrichmentBrowser，erccdashboard，HTSFilter，MEDIPS，metaseqR，msmsTests，适当的，Repitools，ReportingTools，rnaSeqMap，RnaSeqSampleSize，STATegRa，systemPipeR，TCGAbiolinks，ToPASeq，tweeDEseq
建议我	baySeq，biobroom，BitSeq，ClassifyR，clonotypeR，cqn，EDASeq，计，GenomicAlignments，GenomicRanges，goseq，groHMM，GSAR，GSVA，leeBamViews，missMethyl，oneChannelGUI，pasilla，SSPA，subSeq，variancePartition
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	edgeR_3.12.1.tar.gz
Windows二进制	edgeR_3.12.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	edgeR_3.12.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	edgeR_3.12.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/edgeR/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/edgeR/
软件包下载报告	下载数据