要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“diffic”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见diffHic.
Bioconductor版本:3.2
在Hi-C实验中检测不同生物条件下的不同相互作用。提供了用于读取对齐和数据预处理为交互计数的方法。统计分析基于edgeR,支持归一化和滤波。还有几个可视化选项可用。
作者:Aaron Lun
维护者:Aaron Lun
引文(从R内,输入引用(“diffHic”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“diffic”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“diffHic”)
diffHic装饰图案 | ||
diffHicUsersGuide.pdf | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,聚类,报道,嗝,MultipleComparison,归一化,预处理,测序,软件 |
版本 | 1.2.2 |
在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(1年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.2.0),GenomicRanges |
进口 | Rsamtools,Biostrings,BSgenome,rhdf5,刨边机,limma,csaw,locfit、方法、IRanges,S4Vectors,GenomeInfoDb,BiocGenerics |
链接 | |
建议 | BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | diffHic_1.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | diffHic_1.2.2.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | diffHic_1.2.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | diffHic_1.2.2.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/diffHic/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffHic/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |