要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“chipseq”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

chipseq

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见chipseq

chipseq:用于分析chipseq数据的包

Bioconductor版本:3.2

帮助处理chipseq实验的短读取数据的工具

作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence,姚紫珍

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“chipseq”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“chipseq”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“chipseq”)

PDF 一个样本ChIP-Seq分析工作流
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq,报道,DataImport,质量控制,测序,软件
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.0.1),IRanges(> = 1.99.1),GenomicRanges(> = 1.17.7),ShortRead
进口 方法、统计数据晶格,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,ShortRead
链接
建议 BSgenome,GenomicFeatures,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 ChIPQC,文案,HTSeqGenie,soGGi
建议我 ggbio,oneChannelGUI
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 chipseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 chipseq_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) chipseq_1.20.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) chipseq_1.20.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/chipseq/tree/release-3.2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/chipseq/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
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