要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bumphunter”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见bumphunter.
Bioconductor版本:3.2
在基因组数据中发现凸起的工具
作者:Rafael A. Irizarry [cre, aut], Martin Aryee [aut], Kasper Daniel Hansen [aut], Hector Corrada Bravo [aut], Shan Andrews [ctb], Andrew E. Jaffe [ctb], Harris Jaffee [ctb], Leonardo Collado-Torres [ctb]
维护者:Rafael A. Irizarry
引文(从R内,输入引用(“bumphunter”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bumphunter”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“bumphunter”)
bumphunter用户指南 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNAMethylation,表观遗传学,基础设施,MultipleComparison,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(3年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),S4Vectors(> = 0.7.20),IRanges(> = 2.3.23),GenomeInfoDb,GenomicRanges,foreach,迭代器,方法,并行,locfit |
进口 | matrixStats,limma,doRNG,BiocGenerics跑龙套,GenomicFeatures,AnnotationDbi |
链接 | |
建议 | testthat,RUnit,doParallel,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/ririzarr/bumphunter |
全靠我 | minfi |
进口我 | derfinder,regionReport |
建议我 | derfinderPlot |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | bumphunter_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | bumphunter_1.10.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | bumphunter_1.10.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | bumphunter_1.10.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/bumphunter/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/bumphunter/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |