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Birte

此软件包适用于生物导体的3.2版;对于稳定的最新版本,请参阅Birte

贝叶斯对调控对表达的影响(BIRTE)的推断

生物导体版本:3.2

mRNA分子的表达水平由不同的过程调节,包括转录因子的抑制或激活,并通过microRNAS进行转录后降解。Birte使用TFS,miRNA和可能其他因素的调节网络以及mRNA,miRNA和其他可用表达数据来预测调节剂对其靶基因表达的相对影响。推理是在使用Markov-Chain-Monte-Carlo的贝叶斯建模框架中进行的。一个特殊功能是在主动调节器之间进行后续网络反向工程的可能性。

作者:Holger Froehlich,Benedikt Zacher的贡献

维护者:holger froehlich

引用(从r内,输入引用(“ Birte”)):

安装

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文档

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Browsevignettes(“ Birte”)

PDF 贝叶斯对转录活性调节的推断
PDF 参考手册
文本 读书我

细节

生物浏览 贝叶斯,,,,基因表达,,,,微阵列,,,,网络,,,,网络引导,,,,回归,,,,测序,,,,软件,,,,转录
版本 1.6.1
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(1年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.0.0),rcpparmadillo(> = 0.3.6.1),RCPP
进口 大量的,,,,林玛(> = 3.22.0),Glmnet,,,,生物酶,,,,NEM
链接 rcpparmadillo,,,,RCPP
建议 尼特
系统要求 Blas,拉帕克
增强 rgraphviz
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

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包源 Birte_1.6.1.tar.gz
Windows二进制 birte_1.6.1.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) Birte_1.6.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) Birte_1.6.1.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/birte/tree/release-3.2
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/birte/
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