要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ annmap”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

Annmap

此软件包适用于生物导体的3.2版;对于稳定的最新版本,请参阅Annmap

基因组注释和可视化软件包与Affymetrix阵列和NGS分析有关。

生物导体版本:3.2

AnnMap提供了Affymetrix外显子阵列和基于坐标的查询的注释映射,以支持深层测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面,该功能提供了一组函数,例如GenesInrange(),Genetoexon(),Exondetails()等。还提供了用于绘制基因体系结构和BAM文件数据的功能。基础数据来自Ensembl。

作者:蒂姆·耶茨(Tim Yates)

维护者:克里斯·沃思(Chris Wirth)

引用(从r内,输入引用(“ Annmap”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ annmap”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ AnnMap”)

PDF ANNMAP安装指令
PDF Annmap底漆
PDF Annmap食谱
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,报告写作,,,,软件,,,,转录,,,,可视化
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(3。5年)
执照 GPL-2
要看 R(> = 2.15.0),方法,基因组机
进口 DBI,,,,rmysql(> = 0.6-0),消化,,,,生物酶, 网格,格子,,,,rsamtools,,,,GeneFilter,,,,iranges,,,,生物基因
链接
建议 运行,,,,rjson,,,,GVIZ
系统要求
增强
URL http://annmap.cruk.manchester.ac.uk
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 annmap_1.12.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6(雪豹) annmap_1.12.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) annmap_1.12.0.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/annmap/tree/release-3.2
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/annmap/
软件包下载报告 下载统计

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