要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“TFBSTools”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见TFBSTools.
Bioconductor版本:3.2
TFBSTools是一个用于分析和操作转录因子结合位点和转录因子谱矩阵的软件包。
作者:葛谭<葛。Tan09在imperial.ac.uk>
维护人员:Ge Tan < Ge。Tan09在imperial.ac.uk>
引文(从R内,输入引用(“TFBSTools”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“TFBSTools”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“TFBSTools”)
转录因子结合位点(TFBS)分析与“TFBSTools”包 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,GeneRegulation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,软件,转录 |
版本 | 1.8.3 |
在Bioconductor | BioC 2.13 (R-3.0)(2.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 3.2.2) |
进口 | Biostrings(> = 2.36.4),RSQLite(> = 1.0.0),seqLogo(> = 1.34.0),GenomicRanges(> = 1.20.6),caTools(> = 1.17.1),XVector(> = 0.8.0),rtracklayer(> = 1.28.10),BSgenome(> = 1.36.3),S4Vectors(> = 0.6.5),IRanges(>= 2.2.7),方法gtools(> = 3.5.0),cn(> = 1.4.0),BiocParallel(> = 1.2.21),DirichletMultinomial(> = 1.10.0),TFMPvalue(> = 0.0.5),BiocGenerics(> = 0.14.0),XML(>= 3.98-1.3),网格,Biobase(> = 2.28),GenomeInfoDb(> = 1.6.1) |
链接 | |
建议 | JASPAR2014(> = 1.4.0),RUnit(> = 0.4.29),BiocStyle(> = 1.7.7),knitr(> = 1.11) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://bitbucket.org/ge11232002/tfbstools |
BugReports | https://bitbucket.org/ge11232002/tfbstools/issues |
全靠我 | |
进口我 | MatrixRider |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | TFBSTools_1.8.3.tar.gz |
Windows二进制 | TFBSTools_1.8.3.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | TFBSTools_1.8.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | TFBSTools_1.8.3.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/TFBSTools/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TFBSTools/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |