要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“summarizeexperiment”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见SummarizedExperiment.
Bioconductor版本:3.2
summarizeexperiment容器包含一个或多个测试,每个测试都由数字或其他模式的类似矩阵的对象表示。行通常表示感兴趣的基因组范围,列表示样本。
作者:马丁·摩根,瓦莱丽·奥本chain,吉姆·赫斯特,Hervé Pagès
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“SummarizedExperiment”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“summarizeexperiment”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“SummarizedExperiment”)
超文本标记语言 | 协调实验测定、样品和感兴趣区域的总结实验 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,报道,遗传学,GenomeAnnotation,基础设施,测序,软件 |
版本 | 1.0.2中 |
在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(0.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.2),方法,GenomicRanges(> = 1.22.1),Biobase |
进口 | BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.7.11),IRanges,GenomeInfoDb |
链接 | |
建议 | 注释,AnnotationDbi,GenomicFeatures,BiocStyle,knitr,rmarkdown,jsonlite,rhdf5 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | 气道,ALDEx2,AllelicImbalance,BiSeq,bsseq,csaw,deepSNV,DESeq2,DiffBind,DREAM4,dsQTL,epigenomix,epivizr,裂变,GenomicAlignments,GenomicFiles,genoset,geuvPack,工商管理硕士,methylPipe,minfi,parathyroidSE,RIPSeeker,simulatorZ,VanillaICE,VariantAnnotation |
进口我 | biovizBase,BiSeq,COSMIC.67,easyRNASeq,EnrichmentBrowser,FourCSeq,GGBase,ggbio,gQTLstats,methylumi,MinimumDistance,oligoClasses,R453Plus1Toolbox,咆哮,SeqArray,SGSeq,SNPchip,soGGi,systemPipeR,TCGAbiolinks |
建议我 | AnnotationHub,biobroom,GenomicRanges,interactiveDisplay |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | SummarizedExperiment_1.0.2.tar.gz |
Windows二进制 | SummarizedExperiment_1.0.2.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | SummarizedExperiment_1.0.1.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | SummarizedExperiment_1.0.2.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/SummarizedExperiment/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedExperiment/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |